Mustafa Boydak, Boydak Holding'in ortaklarından biri olup FETÖ/PDY soruşturması kapsamında hakkında 7 yıl 6 aylık hapis cezası onanmıştır. Ancak Mustafa Boydak firari durumda bulunmaktaydı. Sonunda İstanbul Emniyeti İstihbarat Şube Müdürlüğü ekipleri, FETÖ/PDY soruşturması kapsamında örgüt üyesi olduğu gerekçesiyle hüküm giyen ve TMSF'ye devredilen Boydak Holding'in ortağı Mustafa Boydak'ın Ataşehir'de olduğunu tespit etmişlerdir.
Polis ekipleri, Mustafa Boydak'ın Bank Asya'da şirketi adına açılmış bir hesabı bulunduğunu belirlemiştir. Mustafa Boydak, 29 Temmuz 2016 tarihinde Kayseri'de FETÖ/PDY terör örgütü soruşturması kapsamında gözaltına alınmış ve daha sonra serbest bırakılmıştır. Ancak devam eden soruşturma kapsamında hakkında yakalama kararı çıkarılmış ve 7 yıl 6 ay hapis cezası onanmıştır. Ataşehir Güvenlik Büro Amirliği ekipleri, Mustafa Boydak'ı gözaltına almıştır. Mahkemeye sevk edilen Boydak, tutuklanmıştır.